Während Widukind für die Franken ein Anti-Held war, erschien er den sächsischen Autoren des Mittelalters als Vorbild für ihre Gegenwart: ein berühmter Krieger und wohltätiger Christ.Die Adelshäuser der frühen Neuzeit machten aus ihm einen bedeutenden Stammvater.
Ein wichtiges Thema des Museums ist Widukinds Zeit, das frühe Mittelalter. Eine Abteilung wird sich den Sachsenkriegen und der Eingliederung in das fränkische Reich widmen. Die Besucher überschreiten ein imaginäres Schlachtfeld mit Relikten aus den Sachsenkriegen. Widukind und Karl „stehen sich gegenüber“ und stellen sich vor. Welches mögen ihre Beweggründe für diesen Krieg gewesen sein?
Ein modernes anthropologisches Forschungslabor gibt Besuchern an verschiedenen Stationen einen Einblick über die Analyse von historischer DNA und eines DNA-Fingerprints. Mikroskope mit Kameraaufsatz, Bildschirme mit animierten Gensequenzen und besondere Software werden den Besuchern behilflich sein bei der Lösung des „Widukind-Knochenkrimis“.