Ο Νίκος Σκαλκώτας γεννήθηκε στις 8/21 Μαρτίου 1904. Τα πρώτα του μαθήματα τα έλαβε από τον πατέρα του, ο οποίος ήταν αυτοδίδακτος φλαουτίστας και αργότερα κυρίως από το θείο του Αλέκο, που εκτός από φλάουτο έπαιζε και πιάνο.

Σπούδασε βιολί στο «Ωδείο Αθηνών» όπου η γρήγορη πρόοδός του προκαλούσε μεγάλη εντύπωση. Το 1920 ολοκλήρωσε τις σπουδές του λαμβάνοντας «Χρυσό Μετάλλιο» και υποτροφία. Ένα χρόνο αργότερα βρίσκεται στη Γερμανία, όπου και έμεινε μέχρι το 1933.

Ενώ οι σπουδές του στην Μουσική Ακαδημία του Βερολίνου στην τάξη του καθηγητή Willy Hess προχωρούσαν εξαιρετικά αποφάσισε να τις εγκαταλείψει για να αφοσιωθεί στη σύνθεση. Μαθήτευσε κοντά στους Paul Kahn, Kurt Weill, Philipp Jarnach και τέλος από το 1927 ως το 1933 στην τάξη του Arnold Schoenberg, τον οποίο εκτιμούσε βαθύτατα και στον οποίο χρωστούσε κατά τη δική του εκτίμηση πάρα πολλά. Όμως και ο Schoenberg από την πλευρά του τον εκτιμούσε πολύ και μάλιστα είχε κάποτε δηλώσει ότι τον θεωρούσε ως τον πιο ταλαντούχο από τους νέους φοιτητές του. Στο τελευταίο του βιβλίο „Style and Idea“ αναφέρει τον Σκαλκώτα σαν ένα από τους δέκα μαθητές του, από ένα σύνολο εκατοντάδων που παρακολύθησαν κατά καιρούς τα μαθήματά του, οι οποίοι έγιναν συνθέτες μετην πραγματική έννοια του όρου. Κι αυτό παρόλο που τα τελευταία 20 χρόνια της ζωής του δεν είχε καμμία επαφή μαζί του ούτε και άκουσε κάποιο από τα κύρια έργα του που προέκυψαν την αποχή αυτή.

Μέχρι το 1930 η ζωή του Σκαλκώτα στη Γερμανία ήταν σχετικά άνετη. Αυξανόμενες οικονομικές δυσκολίες ωστόσο τον ανάγκασαν να επιστρέψει το 1933 στην Αθήνα, όπου και έμεινε μέχρι το τέλος της ζωής του. Οι δύσκολες συνθήκες της καθημερινότητας καθώς και η παντελής έλλειψη αναγνώρισης άσκησαν έντονη επίδραση στον χαρακτήρα του: ενώ στο παρελθόν ήταν χαρούμενος, ανοιχτός και άνθρωπος της παρέας, άρχισε να κλείνεται στον εαυτό του και να βλέπει ως μόνη διέξοδο την σύνθεση. Μιλούσε σπάνια για τη δημιουργική του δραστηριότητα και δεν προσπάθησε να «επιβάλει» εκτελέσεις των έργων του. Έτσι το μεγαλύτερο μέρος του έργου του παρέμεινε άγνωστο μέχρι το θάνατό του. Ιδίως από την περίοδο 1938-1939 συνέθετε πυρετωδώς μέρα και νύχτα το ένα αριστούργημα μετά το άλλο, ενώ παράλληλα δούλευε και στις τρεις ορχήστρες της Αθήνας για βιοπορισμό.

Σε όλα αυτά τα χρόνια της έντονης δημιουργικής δραστηριότητας η ζωή του κυλούσε ομοιόμορφα χωρίς ιδιαίτερες αλλαγές και πάντα κάτω από οικονομική πίεση.

Το 1946 παντρεύτηκε την Μαρία Παγκαλή, μια ελληνίδα πιανίστα, με την οποία απέκτησαν δυο γιους. Πέθανε απροσδόκητα στις 19 Σεπτεμβρίου του 1949 αφήνοντας τον κόσμο της μουσικής κατά πολύ φτωχότερο.